微生物重測序是基于高通量測序數據,與近緣參考基因組進行比對,進行變異檢測的方法。通過重測序可以獲得目標基因對于參考基因組的SNP和Indel等一系列變異信息,從中嘗試對基因組之間的性狀差異進行解析,或作為標記進行大規模的進化分析。

技術路線

技術路線

分析內容

    1. 數據質控與統計
    2. 基因組組裝
    3. 基因組組分分析
        3.1 編碼基因預測
        3.2 重復序列
        3.3 tRNA/rRNA查找
        3.4 前噬菌體
    4. 比較分析
        4.1 SNP統計與注釋
        4.2 Indel統計與注釋
        4.3 物種進化分析
        4.4 共有和特有基因分析
        4.5 基因家族分析
        4.6 全基因組共線性分析

案例解析

比較基因組揭示酵母進化關系
本研究對29種(新測16種)有生物及時應用背景的酵母進行了比較基因組學分析,鑒定出遺傳密碼的改變CUG-Ser——CUG-Ala,通過進化分析、比較基因組分析和酵母代謝通路分析等,研究了菌株間的進化關系,找到了內在的進化規律,為以后的生產研究提供了思路。


參考文獻:
Robert R, Harida s, et al. Comparative genomics of biotechnologically important yeasts. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016.

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