長鏈非編碼 RNA（Long non-coding RNA, LncRNA）是長度大于 200 個核苷酸的非編碼 RNA（不含 rRNA）。研究表明 , LncRNA 在劑量補償效應、表觀遺傳調控、細胞周期調控和細胞分化調控等眾多生命活動中發揮重要作用，成為遺傳學研究熱點。通過 LncRNA 測序，可以快速獲得與其生物學過程或者疾病相關的 LncRNA 表達變化，促進其深入研究。

方案設計

LncRNA實驗設計為差異比較，常見的類型是實驗組與對照組進行兩兩比較；若考慮時空因素，如按照不同生長發育階段或疾病發生發展整個過程進行比較，即進行多重比較分析。然后對LncRNA進行靶基因預測和富集分析。

技術路線

技術路線

分析內容

    1.     數據質控及統計
    2.     序列比對與拼接
          2.1     Reads與參考基因組比對情況統計
          2.2     Reads在染色體上的密度分布情況
          2.3     Reads在已知類型的基因分布情況
    3.     SNP和Indel分析
    4.     可變剪切分析
          4.1     可變剪切分類和數量統計
          4.2     可變剪切結構和表達量統計
    5.     轉錄本拼接
    6.     lncRNA篩選
          6.1     LncRNA篩序結果
                6.1.1     LncRNA 篩選統計圖
                6.1.2     編碼潛能篩選維恩圖
          6.2     LncRNA特征分析
          6.3     篩選lncRNA分類情況
                6.3.1     LncRNA 與 mRNA 的長度比較分析 		                6.3.2     LncRNA 與 mRNA exon 數目比較
                6.3.3     LncRNA 與 mRNA ORF 長度比較
    7.     定量分析
          7.1     定量結果展示
          7.2     不同類型轉錄本表達水平比較
          7.3     不同試驗條件下表達水平比較
          7.4     樣品間表達相關性檢查
    8.     差異表達分析
          8.1     差異表達分析結果
          8.2     差異表達轉錄本火山圖
          8.3     差異表達轉錄本染色體分布
          8.4     差異表達轉錄本聚類分析
    9.     LncRNA靶向mRNA預測
    10.     GO富集分析
    11.     KEGG富集分析
    12.     蛋白互作網絡分析

案例解析

LncRNA-BLACAT2促進膀胱癌相關的淋巴管生成和淋巴結轉移
本研究報道的lncRNA LINC0095在LN轉移性膀胱癌中顯著上調并且與LN轉移相關，還證明了BLACAT2通過直接與WDR5結合在表觀上調控VEGF-C的表達，這些發現揭示了膀胱癌淋巴結轉移的分子機制，并表明BLACAT2可能是臨床干預LN轉移性膀胱癌的一個靶點。


參考文獻：
He W, Zhong G, et al. Long noncoding RNA BLACAT2 promotes bladder cancer–associated lymphangiogenesis and lymphatic metastasis. Journal of Clinical Investigation, 2018.

訂購與咨詢

您可以通過以下任意方式下單或咨詢，工作時間我們保證在1小時內給您反饋：

  1. Email：將您的需求填寫完整后發送到support@synbio-tech.com
  2. 電話訂購：工作日您可以撥打免費熱線4000-973-630（按1）；休息日您可直接撥打18262686586聯系我們
  3. 在線咨詢：您有任何技術問題均可與我們進行網頁在線互動