真菌全基因組從頭測序(Fungi Whole Genome de novo Sequencing),是指對基因組序列未知或無近緣物種基因組信息的某個物種,構建不同插入片段的基因組DNA文庫并對文庫進行序列測定,然后利用生物信息學方法進行拼接、組裝和注釋,從而獲得該真菌的全基因組序列圖譜。

一、真菌初級組裝

技術路線

技術路線

分析內容

    1. 數據質控與統計
    2. 組裝
    3. 基因組組分分析
    4. 基因功能分析

二、真菌高級組裝

技術路線

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分析內容

    1. 數據質控與統計
    2. 組裝
    3. 基因組組分分析
    4. 基因功能分析

案例解析

Pyrenophora病原菌生物合成基因簇的擴增與保存
本研究利用PacBio平臺進行基因組組裝,以硅生物合成基因簇為基礎,對三種Pyrenophora病原菌的潛在代謝變異進行了綜合比較分析,突出了它們的多樣性。反映了它們不同的進化歷史、宿主適應和生活方式。


參考文獻:
Moolhuijzen PM, Muria-Gonzalez MJ, Syme R, et al. Expansion and Conservation of Biosynthetic Gene Clusters in Pathogenic Pyrenophora spp. Toxins (Basel), 2020.

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