真菌全基因組從頭測序(Fungi Whole Genome de novo Sequencing),是指對基因組序列未知或無近緣物種基因組信息的某個物種,構建不同插入片段的基因組DNA文庫并對文庫進行序列測定,然后利用生物信息學方法進行拼接、組裝和注釋,從而獲得該真菌的全基因組序列圖譜。
一、真菌初級組裝
技術路線

分析內容
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1. 數據質控與統計
2. 組裝
3. 基因組組分分析
4. 基因功能分析
二、真菌高級組裝
技術路線

分析內容
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1. 數據質控與統計
2. 組裝
3. 基因組組分分析
4. 基因功能分析
案例解析
Pyrenophora病原菌生物合成基因簇的擴增與保存
本研究利用PacBio平臺進行基因組組裝,以硅生物合成基因簇為基礎,對三種Pyrenophora病原菌的潛在代謝變異進行了綜合比較分析,突出了它們的多樣性。反映了它們不同的進化歷史、宿主適應和生活方式。
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