ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是使用高通量測序對Tn5轉座酶可接近性核染色質區域進行測序分析的一種表觀遺傳學研究技術。通過轉座酶對特定時空開發的核染色質區域進行切割，獲得該時空下基因組中所有活躍轉錄的調控序列，再對這些序列進行聚類，通過motif分析，挖掘這些開放位點的潛在結合轉錄因子，結合基因表達水平數據，發現關鍵的調控轉錄因子。

技術路線

技術路線

分析內容

    1. 原始數據整理、過濾及質量評估
    2. 參考基因組注釋整理與統計
    3. 參考序列比對分析
    4. Peak Calling
    5. Peak相關基因GO注釋
    6. Peak相關基因KEGG注釋
    7. 樣品間差異Peak分析
    8. 差異Peak相關基因GO富集分析
    9. 差異Peak相關基因KEGG通路富集分析
    10. 核小體定位
    11. 全基因組染色質開放圖譜

案例解析

轉錄索引的ATAC-seq精確免疫分析
T細胞創造了基因編碼T細胞受體（TCRs）的多元化，因此它使得單個克隆就能夠識別特定肽—主要組織相容性復合體配體。T細胞受體（TCRs）基因和轉座酶可接近區域測序（ATAC-seq）分析相結合（T-ATAC-seq），在單個細胞水平上提供細胞受體（TCRs）特異性和表觀基因組狀態的信息，對T細胞惡性腫瘤、免疫和免疫治療的研究具有重要價值。


參考文獻：
Satpathy A T, Saligrama N, Buenrostro J D, et al. Transcript-indexed ATAC-seq for precision immune profiling[J]. Nature medicine, 2018, 24(5): 580.

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