T細胞抗體測序分析服務

在過去的幾十年中，癌癥免疫療法極大地改變了腫瘤治療領域。不過，雖然像檢查點阻斷等治療方法可產生顯著的臨床反應，但其功效在癌癥患者或癌癥類型中并不均勻。由于腫瘤微環境的高度異質性和復雜性，需要對浸潤淋巴細胞進行分析，以表征不同類型免疫細胞的眾多基本特性，這些特性是癌癥免疫療法中許多未解決的問題的關鍵。

T細胞是一種淋巴細胞，在細胞介導的免疫調節中起重要作用。通過細胞表面上存在的T細胞受體，可以將T細胞與其他淋巴細胞（例如B細胞和天然殺傷細胞）區分開。大多數人類T細胞，稱為αβT細胞，其細胞受體上的α和β鏈重排。泓迅科技可提供T細胞受體庫測序及生信分析，以T淋巴細胞為研究目標，采用靶向擴增技術獲取TCR α&β的CDR3區域序列，并結合高通量測序技術和生物信息學分析手段，深度解析T細胞受體庫的特征，為腫瘤、感染、自身免疫等免疫相關疾病的臨床試驗、創新性治療等研究提供靈敏、精確、可靠的檢測手段。

服務優勢

獨特的內部數據挖掘工具，對抗體測序結果進行預處理，降低假陽性等測序誤差

完備的生物信息學分析，經驗豐富的抗體研究團隊，專有的抗體大數據平臺，深度挖掘高價值信息

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服務流程

T細胞抗體測序分析服務流程

泓迅經典案例

泓迅科技根據客戶所提供的樣品，提取RNA，通過RACE等擴增方法，構建T細胞庫，并通過高通量測序和后續的生物信息學分析，出具完整的T細胞組庫分析報告。
結果展示：
(1) VDJ 基因參考序列比對
利用軟件將每個樣本測序得到的序列與數據庫中記錄的 VDJ 基因參考序列進行比對，根據比對結果去除無效的序列，包括未必對上、含終止密碼子的序列。根據每條序列的比對結果，確定相應的 VDJ 基因的使用情況和具體的 CDR3 區域序列。

(2) VDJ 基因使用頻率分析

Table 1 TRA樣本中 V 基因使用頻率統計

Gene_name	Chain type	Reads	Frequency
T21	TRA	158837	0.21722
T13-1	TRA	85909	0.117486
T9-2	TRA	81985	0.11212
T38-2/DV8	TRA	50525	0.069096
T4	TRA	37409	0.051159
T20	TRA	24028	0.03286
T2	TRA	23311	0.031879
T7	TRA	22040	0.030141
T12-1	TRA	19884	0.027193
T5	TRA	17587	0.024051
T1-2	TRA	16149	0.022085
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T細胞抗體測序分析服務1
T細胞抗體測序分析服務2

(3) CDR3 區域長度分析

CDR3 區域長度分析

(4) CDR3種類分析

Table2 TRA測序統計CDR3氨基酸序列長度

CDR3	Reads	Frequency	len
DNNNDMR	3560	0.004869	7
VISRTL	1688	0.002308	6
AVTGNQFY	1397	0.00191	8
AVDSNYQLI	899	0.001229	9
AVNSGNTPLV	847	0.001158	10
AVNRDDKII	718	0.000982	9
AVEYGNKLV	700	0.000957	9
AATDSWGKLQ	696	0.000952	10
AVTSGSRLT	690	0.000944	9
SRTL	676	0.000924	4
AVQGGSEKLV	661	0.000904	10
LVGDTGRRALT	540	0.000738	11
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Table 3 TRA測序統計CDR3核酸序列長度

CDR3	Reads	Frequency	len
GACAATAACAATGACATGCGC	3560	0.004869	21
GTGATATCCAGAACCCTG	1533	0.002096	18
TCCAGAACCCTG	676	0.000924	12
GCTGTGGATAGCAACTATCAGTTAATC	647	0.000885	27
GCTGTGGAATATGGAAACAAGCTGGTC	644	0.000881	27
GCTGTGAACAGAGATGACAAGATCATC	599	0.000819	27
GCTCTGAGTGACAATGACATGCGC	513	0.000702	24
GCTCTGAGTGAATATGGAAACAAGCTGGTC	507	0.000693	30
GCAGAGAGTTATAATGCAGGCAACATGCTCACC	493	0.000674	33
GCTGTGAGTGGAGGCTTTGGGAATGTGCTGCAT	487	0.000666	33
GCTGTGAGAGCCCCGACGTACAGCAGTGCTTCCAAGATAATC	407	0.000557	42
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